Stížnosti od celé řady uživatelů dávají tušit, že se novému handheldu od Nintenda nevyhnuly nepříjemné obtíže.
Z postů na herních fórech vyplývá, že 3DS relativně často padá, přičemž majitelům zobrazí pouze černou obrazovku smrti, po níž následuje jedině restart systému.
V souvislosti s chybou byly zmíněny následující hry: Super Monkey Ball, Street Fighter IV 3D, Pilotwings, Ghost Recon, Lego Star Wars a Mii aplikace.
Některým uživatelům se obtíží podařilo zbavit pouhým restartováním zařízení, zatímco jiní si pomohli naformátováním SD karty do formátu FAT-32.
Ne všichni ale měli takové štěstí a celá řada hráčů byla nucena handheld odeslat na zdlouhavou reklamaci.