Studio Radical vypustilo do oběhu vývojářský deníček, ve kterém popisuje něco málo z příběhu. Nechybí ani záběry z hraní.
Vývojáři čelili těžkému rozhodnutí. Chtěli totiž zahrnout hrdinu z prvního dílu, Alexe Mercera, i v pokračování. Jeho schopnosti však byly natolik vyšponované, že už by to pro hráče nebyla výzva. Z Alexe je tak nyní hlavní zloduch.
„Rozhodli jsme se udělat jej nepřítelem, ale velmi zajímavým nepřítelem,“ řekl designér studia John Howard. „A pak jsme vytvořili hlavní postavu, abyste měli vedle sebe hned dva zajímavé charaktery.“
V příběhu si zahrajeme za Jamese Hellera, který ztratí rodinu kvůli viru. Alex, který je důvodem šíření smrtelného viru, pak Hellera nakazí a příběh tak nabírá obrátky pomsty a zadostiučinění. Atmosféra je ale značně poutavá, protože Heller neví, zda má proti Alexovi vůbec nějakou šanci a hra tak okousává známé motivy jako David proti Goliášovi nebo Luke proti Vaderovi.
Prototype vychází někdy v roce 2012 pro PC, PS3 a Xbox360.